免费查重工具查重率高、知网查重率低的原因主要是因为免费查重工具通常采用的是简单的文本匹配算法，对文本相似度的判断不够准确，容易出现误判。而知网作为专业的文献查重平台，采用的是更加精准的查重算法，能够更好地识别文本相似度，因此查重率相对较低。要解决这一问题，建议使用知网等专业查重工具进行文献查重，确保查重结果的准确性。

此外，免费查重工具通常对文本长度、格式、语法等要求较低，容易出现漏查情况；而知网等专业查重工具对文本要求更加严格，能够检测到更多的相似内容。因此，在选择查重工具时，应根据需求和要求选择合适的工具，以确保查重结果的准确性和可靠性。